ゲノム進化：タイセイヨウサケのゲノムから得られる再複相化の手掛かり

8000万年前にサケ科の共通祖先で起こった全ゲノム重複（脊椎動物進化におけるサケ科特異的な4回目の全ゲノム重複；Ss4R）は、現存する70系統での重複した脊椎動物ゲノムの進化的運命を知るためのまたとない機会を提供する。本研究では、タイセイヨウサケ（Salmo salar）の高品質ゲノムアセンブリの結果を示し、トランスポゾンを介した反復配列の爆発的増加と同時に起こった大規模なゲノム再編成が、Ss4R後の再複相化の過程に極めて重要であったことを明らかにする。さまざまな組織での重複遺伝子の発現パターンを、Ss4R前に分岐した外群のオルソロガス遺伝子のものと比較したところ、予想と異なり、機能分化よりも新規機能獲得の事例の方が多いことが分かった。意外なことに、3億2000万年前の真骨類特異的な全ゲノム重複の後に重複遺伝子として保持された遺伝子群は、Ss4R後で特に保持されやすくはなかったことや、重複遺伝子の保持は遺伝子産物の間に予測されるタンパク質相互作用の性質によってさほど大きな影響を受けなかったことが明らかになった。最後に、このタイセイヨウサケのゲノムアセンブリの結果が、他のサケ科魚類をさまざまな目的で研究する際の参照配列として利用できることが示された。

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