Article 細胞：新生転写産物塩基配列解読によるヌクレオチドレベルの分解能で転写の可視化 2011年1月20日 Nature 469, 7330 doi: 10.1038/nature09652 転写に関する最近の研究により、転写開始後制御の巧みな利用および急速分解転写産物の大量生産の両方で、その複雑性がほんの数年前には考えられていなかったレベルまで明らかになっている。これらの経路の詳しい解析には、転写産物が作られている過程を正確に追跡する方法が必要となる。本論文では、RNAポリメラーゼに結合している新生転写産物の3′末端のディープ・シークエンシングを用いて、ヌクレオチドレベルの分解能で転写を観察する方法（native elongating transcript sequencing；NET-seq）について述べる。出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）でNET-seqを用いた実験より、プロモーターは一般に転写を両方向に開始させる力を持つが、Rpd3S脱アセチル化複合体がアンチセンス転写開始を抑制するため、大半のプロモーターに強い方向性が生じることが明らかになった。また、広く転写産物全体にわたってポリメラーゼが停止したり戻ったりすることも示す。停止の平均密度を調べると最初の4個のヌクレオソームの位置それぞれに顕著なピークがあり、これはin vitroでの生物物理学的測定でみられるピークの位置とよく一致する。したがって、ヌクレオソームによって生じるポリメラーゼの停止が、in vivoでの転写伸長を妨げる主要な障害と考えられる。 Full Text PDF 目次へ戻る
