後生動物の遺伝子発現は、個々の遺伝子レベルで調節されているだけでなく、セントロメアやテロメア、インプリンティングされた遺伝子群などのように染色体の広い領域にわたって、あるいはX染色体の遺伝子量補償などのように染色体全体にわたって、協調し合いながら調節されている。通常、個々の遺伝子の制御はDNAの一次配列によって指示されるが、広い領域にわたって遺伝子を制御するシス作動性情報の性質については解明がむずかしい。可能性としては、DNAの高次構造、特異的なヒストン修飾、核内の区画化、DNAの一次配列などが考えられる。染色体全域にわたる遺伝子制御の実例の1つが、線虫（Caenorhabditis elegans）の遺伝子量補償で、大型の遺伝子量補償複合体（DCC）が雌雄同体の2本のX染色体へ運ばれ、転写産物の量を半分に抑制する。この必須の過程によりX連鎖遺伝子の発現は、XOの雄とXXの雌雄同体のどちらの性でも同等になる。今回我々は、線虫のX染色体をDCCによる遺伝子抑制の標的として標識するシス作動性部位を複数発見し、解析した。これらrex(recruitment element on X)部位はX染色体に広く散らばっていて、プロモーター、エキソン、介在配列の中にある。rex部位には少なくとも2つの異なったモチーフが共通にみられ、これが組み合わさって作用して、DCCを動員する。これらのモチーフを変異させると、in vivoでのDCCの結合が大幅に低下するか、まったく起こらなくなることから、染色体全域にわたる制御でもDNAの一次配列が重要なことが判明した。意外なことに、このモチーフはX染色体上に特に多いわけではないが、rex部位中のモチーフ数を変化させることにより、DCCの最適な動員のためには、モチーフが異様に高い密度で共存することが重要だとわかった。したがって、X染色体特異的な抑制は、X染色体特異的ではない塩基配列を介して起こる。この共通モチーフの分布は染色体全域にわたる抑制の基盤となっている。
