ヘテロクロマチンとは、間期にも凝縮したままで濃く染まるクロマチンのことで、これに対してユークロマチンは脱凝縮する。ヘテロクロマチンはセントロメアやテロメア周辺に見られるが、植物ゲノムでは中間部にもヘテロクロマチン（こぶ）があるのが一般的で、最初はトウモロコシで見つかった。これらの領域は反復が多く、複製時期が遅い。ショウジョウバエでは、ヘテロクロマチンが遺伝子の発現に影響をおよぼすが、この現象はposition effect variegation（位置効果による斑入り）と呼ばれる。ショウジョウバエのposition effect variegationと、「制御因子」（すなわち転位因子）によるトウモロコシの遺伝子抑制とが似ていることもあって、ヘテロクロマチンは転位因子で構成され、ゲノム全体に散在する転位因子が発生を調節している可能性があるとの説が出された。今回我々は、マイクロアレイ解析を行って、シロイヌナズナArabidopsisのヘテロクロマチンが、クロマチンリモデリングATPアーゼDDM1（Decrease in DNA Methylation 1）の制御のもとに、転位因子や関連する縦列反復配列によって決定されることを明らかにした。低分子干渉RNA（siRNA）がこれらの配列に対応することから、DDM1を導く役割を果たすことが示唆される。また、転位因子は遺伝子をエピジェネティックに制御することもできるが、それは転位因子が遺伝子の内部やごく近くに挿入されたときに限られることもわかった。インプリンティングを受けたユークロマチン中の遺伝子FWAが、DDM1とDNAメチルトランスフェラーゼMET1によって調節されるのは、おそらくこれによるのだろう。FWAのプロモーターは、転位因子に由来し、siRNAと関連した縦列反復配列からできているからである。
