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分子系統学で生ずる不一致を解決するためのゲノム規模の手法

Nature 425, 6960 doi: 10.1038/nature02053

分子系統学で最もよく突き当たる難題の1つが、単一遺伝子ごとなどの異なるデータセットを使って得た系統樹の間に不一致が見られることである。不一致の度合いと不一致を解消できる方法を体系的に調べるため、我々は酵母8種のゲノム配列を検索し、ゲノム内各所に分布するオルソロガス遺伝子106個を単独で、また連結(concatenation)により系統発生解析のために選び出した。我々の得た結果からは、単独または少数の連結した遺伝子からなるデータセットでは、相容れない系統樹トポロジーを裏付ける可能性が相当高くなることが示唆された。対照的に、連結した遺伝子の全データセットの解析からは、分解の完全な種の系統樹が最大限の裏付けを持って1つだけ得られた。これに匹敵する結果が、最小で20個の遺伝子の連結で得られた。この遺伝子数は実質的に一般に使われる数よりも多いが、どのようなゲノムであれゲノム全体から見ればほんの一部にすぎない。これらの結果は、生命の系統樹の枝分かれを解明するうえで大きな意味をもってくる。

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