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遺伝:イネの活性型DNAトランスポゾンファミリー

Nature 421, 6919 doi: 10.1038/nature01214

イネ(Oryza sativa)の2つの亜種japonica(cv.Nipponbare)とindica(cv.93-11)の概要配列が発表されたことで、重要作物であるイネにおける転移因子の動態を調べるまたとない機会が得られた。我々は、これらの配列をコンピュータで解析し、イネにおける最初の活性型DNAトランスポゾンであり、また全生物種を通して最初の、活性のある短い転移因子MITE(Miniature Inverted-repeat Transposable Element)を同定したので報告する。Tourist様MITEに分類されるminiature PingmPing)と呼ばれる430bpの配列はNipponbareに約70コピー、また93-11に約14コピー存在している。これらのmPing因子は、ほぼすべて同一であり、indicaの培養細胞株で活発に転移する。データベースを検索したところ、転移酵素をコードして同じ培養細胞株で活発に転移する関連因子Pongのファミリーが同定された。mPingおよびPong因子の新しい挿入のほとんどすべては、イネゲノムの低コピー領域に認められた。イネが栽培化されて以来、mPingMITEは、極端な環境条件に適応した栽培品種で選択的に増幅されてきた。この状況は、トランスポゾンの活性化に関するゲノムショック仮説を想起させる。

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