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遺伝:ヒトゲノム上に最近生じた正の選択をハプロタイプ構造から明らかにする

Nature 419, 6909 doi: 10.1038/nature01140

ヒト集団に最近生じた自然選択を特定することができれば、人類の歴史の研究および医学上大きな意味があると思われる。本論文では、最近生じた正の選択の遺伝的インプリンティングを、ヒト集団のハプロタイプを広い範囲で調べることで検出する枠組みを紹介する。この方法では最初に、目的の遺伝子座に複数のハプロタイプ(コアハプロタイプ)を特定する。次に、広域ハプロタイプホモ接合性(extended haplotype homozygosity; EHH)を使って表した、対象遺伝子座からさまざまな距離にある対立遺伝子との関連性の消失率を元に、各コアハプロタイプの年代評価を行う。EHHが極めて高く、また集団頻度が高いコアハプロタイプであれば、あるひとつの変異が中立進化から予測されるより速く、ヒト遺伝子プール中で重要性を獲得したことを意味する。この方法を用いて、マラリア耐性にかかわるとされる比較的多く見られる変異型をもつ2つの遺伝子(G6PD遺伝子とCD40リガンドをコードする遺伝子)における選択について調べた。防御的な変異と考えられる変異をもつコアハプロタイプは両遺伝子座で突出しており、選択が生じた明確な証拠を示している。より一般的には、この方法でゲノム全体を調べることで、最近生じた正の選択を明らかにすることができると思われる。

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