Letter 生化学：タンパク質部分構造の「周期表」 2002年4月11日 Nature 416, 6881 doi: 10.1038/416657a 最新の構造ゲノム科学のねらいは、ヒトや他の生物のゲノムにコードされた全タンパク質の構造を系統立てて明らかにし、実在するタンパク質を作り上げている部分構造の数と種類について、全体像を描き出すことにある。これまでは、数の限られた既知の部分構造に基づいた推計が行われてきた。その推計値に大きなばらつきがある（1,000から10,000）のは、既知の部分構造の数が限られているためだが、部分構造どうしの区別が難しいからでもある。通常は、タンパク質の折りたたみに基づいたトポロジーで区別をつけるのだが、厳密なトポロジーの考え方では（ペプチド鎖間の架橋は無視される）タンパク質の鎖は開放鎖であり、すべて同一ということになる。このような自明な結果を避けるために、鎖間の水素結合という形で二次的な結合「二次構造」と、二次構造の集まりによってできる「三次構造」を考えて、トポロジーを決定することが行われている。しかしこのように考えたトポロジーは、小さな構造が加わったり失われたりすることで大きく変化する場合があり、このような主観的解決策は、不確実で自動化には向かない。本稿では、二次的、三次的な結びつきを定形化し、タンパク質のトポロジーを厳密かつ自動的に決定する方法を提案する。 Full Text PDF 目次へ戻る
