Research press release


Nature Medicine

Epidemiology: Sixteen new SARS-CoV-2 lineages spread through South Africa from March to August 2020

南アフリカで新型コロナウイルス感染症(COVID-19)のパンデミック(世界的大流行)が始まった直後の6か月間に分離された重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)から得られた1300を超えるほぼ完全なゲノム塩基配列の解析が行われ、16の新しいSARS-CoV-2系統が見つかった。Nature Medicine に掲載されるこの研究により、2020年3月6日から8月26日の間にSARS-CoV-2が南アフリカ全体にどのように拡散していったのかが明らかになった。


SARS-CoV-2の進化を解明し、世界的な伝播の動態を追跡するのには、ゲノム疫学の手法が使われている。H Tegally、T de Oliveiraたちは、パンデミックの最初の6か月間に南アフリカで収集されたSARS-CoV-2由来の1365に上るほぼ完全なゲノム配列を解析し、16の新しい系統を明らかにした。これらの系統のほとんどが、他では見つかっていない独自の変異を持っていた。南アフリカでの流行の第1波の際には、これらの内の3系統(B.1.1.54、B.1.1.56およびC.1)が広く拡散し、その時点での南アフリカの全感染者の約42%を占めていたことが分かった。南アフリカで2020年8月末までに地理的に最も広がった系統は、新たに見つかったC系統のC.1だった。


An analysis of more than 1,300 near-whole genome sequences of SARS-CoV-2 isolated in South Africa during the first 6 months of the pandemic revealed 16 new lineages of the virus. These findings, reported in a paper published in Nature Medicine, shed light on the spread of SARS-CoV-2 throughout South Africa from 6 March to 26 August 2020.

The COVID-19 pandemic in South Africa is the largest in Africa, with more than 785,000 people infected (which accounted for approximately 50% of all known African infections) and more than 20,000 deaths by the end of November 2020.

Genomic epidemiology has been used to understand the evolution of SARS-CoV-2 and to track the dynamics of transmission across the world. Houriiyah Tegally, Tulio de Oliveira and colleagues analyzed 1,365 near-whole genomes of SARS-CoV-2 collected in South Africa during the first 6 months of the pandemic and identified 16 new lineages. Most of these lineages have unique mutations that have not been identified elsewhere. The authors found that three of these lineages—B.1.1.54, B.1.1.56 and C.1—spread widely in South Africa during the first wave, accounting for around 42% of all infections in the country at the time. The newly identified C lineage of SARS-CoV-2, C.1, was the most geographically widespread lineage in South Africa by the end of August 2020.

The authors conclude that this type of genomic surveillance can be used on a large scale in Africa to identify new lineages of SARS-CoV-2 and to inform measures to control the spread of the virus. Such genomic surveillance was crucial in the identification of the 501Y.V2 variant in South Africa in December 2020.

doi: 10.1038/s41591-021-01255-3


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