発生：シス調節配列の機能的層別化と発生動態を伴う、ゼブラフィッシュマルチオミクスアトラス

ゼブラフィッシュは、胚発生の研究やヒト疾患のモデルとして普及しているにもかかわらず、他の動物モデルにあるような、体系的で機能的なアノテーションプログラムはまだ構築されていない。我々はこの問題に対処するため、国際的なDANIO-CODEコンソーシアムを結成した。コンソーシアムでは中央レポジトリを作成し、ゼブラフィッシュの発生過程における機能的なゲノムデータを貯蔵・処理している。我々のデータ調整センター（https://danio-code.zfin.org）は、合計1802セットの、未発表および再解析公開ゲノムデータを統合した。データは、既存のアノテーションを改善するため、および実験計画における有用性を示す目的に使用された。その結果、発生過程全体を通して14万か所以上のシス調節配列を同定し、その中には、時空間的な活性に依存して特徴付けられるグループが存在した。また、胚性ゲノム活性化（ZGA）に際して活性化する調節配列と、器官形成時に活性化するそれとでは、距離トポロジーおよびクロマチン特性が異なっていた。最後に、ゼブラフィッシュとマウスとの間で、調節配列およびエピゲノム地形を対応させることにより、配列の類似性を超えた両者の機能的関係を推定し、ゼブラフィッシュの発生ゲノミクスの有用性を哺乳類にまで拡張した。