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関連解析:ゲノムワイド関連解析に適応させた線型混合モデルアプローチ

Nature Genetics 42, 4 doi: 10.1038/ng.546

線型混合モデル(MLM)は、ゲノムワイド関連解析における集団構造や近縁性の調整で、その有用性が証明されてきた。しかしながら、このモデルにもとづく手法は、大規模なデータセットを処理する場合に、コンピューターに対する負荷が大きい。そこで報告では、「圧縮する」方法について報告する。compressed MLMと名付けたこの手法は、被験者をグループにクラスタリングすることにより、このようなデータセットにおける実質のサンプルサイズを減らしている。また、補完的なアプローチであるpopulation parameters previously determined (P3D)についても報告する。これは、分散成分についての再計算の必要性を除去する方法である。私たちは、ヒト、イヌ、トウモロコシで選択した遺伝的関連データセットに対し、これら2つの手法を独立および統合の両方で適用し、解析を行った。2つの手法を同時に適用した場合、計算時間を顕著に減らすことができ、統計の検出力も維持できたか、もしくはよくなった。部分構造の調整における有用性を示すために、さまざまな生物種や遺伝子構造についての遺伝的関連のデータセットについてシミュレーションを行った。ここで報告した方法は、TASSELプログラム中で利用可能となっている。

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