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全ゲノム転写表現型によるエピスタシス解析

Nature Genetics 37, 5 doi: 10.1038/ng1545

古典的なエピスタシス(上位性)解析では、形態的表現型、生化学的表現型をはじめとする表現型を用いて、反応経路における遺伝子機能の序列を決定することができる。この手法は、該当経路のもたらす表現型に関する情報と多彩な実験上の専門的知識を必要とし、そのためゲノムを対象とする解析には不向きである。本論文では、エピスタシス解析のための表現型として、突然変異体のマイクロアレイ・プロファイルを用いた。細胞性粘菌DictyosteliumにおけるプロテインキナーゼAの活性を調節する遺伝子群について、既知、未知を問わず、すべての上位性関係を同定し、マイクロアレイ表現型のみを用いて遺伝子ネットワークを再構築した。本研究成果は、マイクロアレイデータが遺伝子ネットワークの大規模解析のための標準的な定量ツールとなりうることを示すものである。

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