التحقق من صحة بيانات تسلسل الـRNA

نجح كونسورتيوم دولي في إجراء التحليل الأشمل حتى الآن لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) المتاحة للعموم، مقدّما موردًا فريدًا لتقييم موثوقية هذه البيانات المستخدمة في البحوث السريرية والأساسية¹. 

تقدّم تقنيات معينة -مثل تسلسل الترانسكربتوم، والإكسوم عالي الإنتاجية- ثروة من البيانات عن ديناميات التعبير الجيني، ولكن الطبيعة العشوائية لأخذ عينات الـRNA تنتج قياسات صاخبة، وتشير التحليلات الأخيرة إلى أن البيانات التي تم الحصول عليها حتى الآن ليست دقيقة تمامًا.

يهدف كونسورتيوم مراقبة جودة التسلسل لتقييم دقة قابلية استنساخ بيانات تسلسل الـRNA، وقد نشر الباحثون المشاركون الآن النتائج الأولية للمشروع.

تستخدم عينات الـRNA المرجعية - موضوعة التسلسل، والمتاحة تجاريًّا في مختبرات متعددة- منصات تسلسل متعددة، لإنتاج مجموعة بيانات تتألف من أكثر من 100 مليار من النيوكليوتيدات التي تم الحصول عليها من نحو 30 مليار قراءة تسلسل، ومن مقارنة التسلسلات مع المعلومات المستقاة من المنظومة الدقيقة والتحليل الكمّي لسلسلة تفاعلات البوليميراز (qPCR).

في حين تعدّ قياسات التعبير الجيني النسبي دقيقة وقابلة للاستنساخ عبر منصات تسلسل متعددة، إلا أن تلك الخاصة بمستوى التعبير المطلق لجينات كثيرة تختلف وفقًا لطريقة التسلسل.

كما حددت الدراسة أيضًا الغالبية العظمى لما يقرب من 55,000 جين معروف في الجينوم البشري، و2.6  مليون موصل ارتباط غير محدد الصفات، أي المواقع التي يُقطع فيها الـDNA لإبعاد المناطق غير المرمزة وجلب مناطق الترميز مع بعضها، قبل نسخها في الـRNA. 

تحوي الجينات مناطق ترميز متعددة يمكن ربطها معًا بطرق مختلفة، ومعظمها -إن لم يكن كلها- يحتوي على عدة ’مناطق وصل متباينة‘ ولكن لا يُعرف إلا القليل عن طريقة تشكلها. لذا فإن توصيفًا أفضل لمناطق الوصل هذه سيوفر نظرة أعمق لهذه العملية.

اشترك للحصول على النشرة الإلكترونية المحدّثة كل أسبوعين لكي تبقى على اطلاع بكافة المستجدات على الموقع.