Research press release


Nature Genetics

Chlamydia genome sequencing

クラミジア・トラコマチス(Chlamydia trachomatis)の全ゲノム塩基配列解読について報告する論文が、今週、Nature Genetics(電子版)に掲載される。C. trachomatisは、世界で最も多く見られる性感染症の一つと失明の主な感染性原因である眼の感染症を引き起こすヒト病原体だ。 今回、S Harrisたちは、53菌株のC. trachomatisの全ゲノム塩基配列の比較ゲノム解析を行った。これらの菌株は、1959〜2009年の流行時に単離されたもので、臨床株の多様性を反映するように53菌株が選び出された。Harrisたちは、この塩基配列データセットを用いて、これまでより正確なC. trachomatisの全ゲノム系統樹を作成した。今回の解析は、C. trachomatisの進化史の再構築を可能にすると同時に、疫学的感染を監視し、C. trachomatisの集団構造と菌株の多様性を解明するうえでも重要な意義がある。 また、Harrisたちは、主要外膜タンパク質をコードするompA遺伝子の遺伝子型解析に基づくC. trachomatisの単一遺伝子診断法という従来用いられてきた方法が、系統分類や遺伝的類縁性の推定にある程度しか役立たないとし、系統分類の精度を高めるためには、ゲノム全体にわたって、もっと多くの座位の遺伝子型判定を行う必要があるという考え方を示している。

Whole genome sequencing of Chlamydia trachomatis is reported in a study this week in Nature Genetics. C. trachomatis is a human pathogen that causes of one of the most prevalent sexually transmitted infections worldwide, as well as infections of the eye that are a leading infectious cause of blindness. Simon Harris and colleagues report a comparative genomic study of 53 C. trachomatis whole genome sequences. These strains were isolated from epidemics during 1959-2009, and were selected to represent the diversity of clinical strains. The authors used this sequence dataset to construct a more accurate whole genome phylogeny for the species. Their analysis allows for a reconstruction of the evolutionary history of C. trachomatis, and has implications for monitoring of epidemiological infections and characterizing population structure and strain diversity. The authors also find that a traditionally used C. trachomatis single gene diagnostic, based on genotyping the ompA gene encoding the major outer membrane protein, has limited utility for strain typing and inferring genetic relatedness. They suggest the need for typing a larger number of loci across the genome for more accurate strain typing.

doi: 10.1038/ng.2214


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