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活性エンハンサーをゲノムワイドに発見するためのアッセイ実験および解析法の比較

Nature Biotechnology 40, 7 doi: 10.1038/s41587-022-01211-7

活性エンハンサーの特定にはヒストンの標識よりも転写パターンが適しているという考え方を支持するエビデンスが積み上がっているが、実験および計算の両方で活性エンハンサーを発見するための最適な戦略は定まっていない。今回、K562細胞で13種類のゲノムワイドRNA塩基配列解読(RNA-seq)アッセイを比較したところ、エンハンサーRNAの検出および活性エンハンサーの発見に関して、核ランオンに次いでキャップ選択を行うアッセイ(GRO/PRO-cap)が優れていることが明らかになった。また、PINTS(peak identifier for nascent transcript starts)というツールを導入して、活性プロモーターおよびエンハンサーをゲノムワイドに発見し、5′転写開始部位の正確な位置を特定した。最後に、120種類の細胞および組織から検出されたエンハンサーRNAの転写開始部位に基づき、網羅的なエンハンサー候補の概要をまとめた。これはhttps://pints.yulab.orgからアクセス可能である。利用可能な最善のアッセイおよびパイプラインに関する知識により、このエンハンサー候補の大規模なアノテーションは、余分な時間および労力をかけずにその機能の選択および評価を行うことを可能にする。

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