RNA・タンパク質複合体のトランスクリプトーム規模のRNaseフットプリント法

リボソームプロファイリングはin vivoの翻訳研究で広く用いられているが、全ての配列リードがリボソームに保護されたRNAに対応するわけではない。今回我々は、リボソームプロファイリングのデータを解析して自然の非リボソームRNA・タンパク質複合体を発見する電算パイプライン「Rfoot」を紹介する。Rfootにより、ヒト細胞中の核小体RNA、スプライソソームRNA、マイクロRNA、tRNA、長鎖非コード（lnc）RNA、およびmRNA 3′非翻訳領域の内部に、RNaseから保護された領域が正確に見いだされた。同種のRNAでも複合体の結合が異なる場合があることが分かった。RNaseフットプリントが認められたlncRNAはごく一部であったが、その多くは複数のフットプリントを有し、保護された領域は進化的に保存されていることから、生物学的機能が示唆された。