RNA-seqデータのイントロンリードおよびエキソンリードの解析が転写および転写後の調節の特性を明らかにする

RNA-seq実験では、成熟したRNA転写物のみならずmRNA前駆体（pre-mRNA）に由来するリードも得られる。今回我々は、エキソン・イントロン分割解析（exon/intron-split analysis；EISA）と称する電算的方法を示す。この方法は、種々の実験条件下で得られた成熟RNAおよびpre-mRNAのリードの変化を評価して、遺伝子発現の転写調節および転写後調節を数値化するものである。EISAを17組の多様なデータセットに適用した結果、イントロンリードの多くが核RNAから生じ、イントロンリード数の変化によって転写活性の変化が正確に予測されることが分かった。さらに、エキソンとイントロンの変化の差から、転写後調節の変化を予測することができた。EISAは、発現変化に対する転写と転写後の両方の寄与を明らかにし、RNA-seqデータセットから得られる情報量を増大させる。