ConStrainsはメタゲノムデータセット中の微生物菌株を明らかにする

微生物多様性では菌株の個別性が重要な要素となっており、微生物群集の機能の解明を進めるためには同種細菌株を明らかにすることが必要不可欠である。バイオインフォマティクスおよび塩基配列解読の技術には限界があり、これまで菌株を明らかにすることは不可能であった。これは、短いリードをフェージングして塩基配列が酷似した元の菌株レベルの遺伝子型を忠実に再現することが困難なためである。今回我々は、メタゲノム塩基配列データから同種菌株を明らかにして微生物群集中のその菌株の系統発生を再現するオープンソース・アルゴリズム「ConStrains」を紹介する。このアルゴリズムは、一連の普遍的な遺伝子の一塩基多型（SNP）パターンを用いて、菌株を説明する種内構造を推定する。ConStrainsを模擬データセットおよび宿主由来のデータセットに適用することにより、微生物群集の動態に関する洞察が得られた。