Perspective

全ゲノムDNAメチル化マッピング技術の定量比較

2010年10月12日 Nature Biotechnology 28, 10 doi: 10.1038/nbt.1681

DNAメチル化は真核生物の遺伝子発現の調節で重要な役割を果たしている。有糸分裂で受け継がれて長期間安定であるが、DNAメチル化のパターンは細胞分化、疾病、および環境の影響によって頻繁に変化する。全ゲノム規模でDNAメチル化地図を作製するための方法は複数開発されている。本論文では、遺伝的に無関係な胚から得た2系統のヒト胚性幹細胞株および同一患者から得た結腸腫瘍とそれに隣接する正常結腸組織との対を分析することにより、そうした方法のうちの4つを基準に従って評価した。我々の分析では、メチル化DNA免疫沈降配列解読法（MeDIP-seq）、親和性精製によるメチル化DNA捕捉法（MethylCap-seq）、簡約表示バイサルファイト配列解読法（RRBS）、およびインフィニウム・ヒューマンメチレーション27（HumanMethylation27）検定法のすべてで正確なDNAメチル化データが得られた。しかし、比較した試料対の間でメチル化が異なる領域の検出能に関しては、各方法の間に差が認められた。エピゲノム症例対照研究の計画に関してこの4方法の長短が明らかにされ、ここに実際的な提言を示す。

Full text

PDF

目次へ戻る

ネイチャーの人気コンテンツ