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亜硫酸水素塩を用いる選択的な塩基配列解読で明らかにされる核の再プログラムに伴うDNAメチル化の変化

Nature Biotechnology 27, 4 doi: 10.1038/nbt.1530

現在のDNAメチル化分析法には、ゲノム上の多数の標的を解析するための柔軟性および効率に限界がある。本論文では、ゲノム上の任意の標的サブセットを特異的に捕捉して亜硫酸水素塩を用いる一分子塩基配列解読を行い、1塩基の分解能でDNAのメチル化を絶対定量する方法を示す。 我々は、総計約3万個のパドロックプローブを設計し、ヒトの12番染色体、20番染色体、および特定領域34カ所に存在するCG島2,020カ所に関して、CpG 部位約66,000カ所のメチル化を分析した。脱分化に伴う後成的な差を調べるため、ヒト線維芽細胞3株およびヒト多能性幹細胞8株を対象に、メチル化の比較を行った。染色体の全体的なメチル化パターンはいずれの株も類似していたが、多能性幹細胞では線維芽細胞と比較してシトシンのメチル化がわずかに多かった。人工多能性幹（iPS）細胞には胚性幹細胞を上回るメチル化がみられた。線維芽細胞と多能性細胞では、288領域でメチル化が異なっていることがわかった。この選択的な方法は、大きなゲノムのDNAメチル化の解析で特に有用と考えられる。
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