1. Nature Japan
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  4. PDZドメイン−ペプチド相互作用の一次配列からの予測
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PDZドメイン−ペプチド相互作用の一次配列からの予測

Nature Biotechnology 26, 9 doi: 10.1038/nbt.1489

PDZドメインは最大級の相互作用ドメインファミリーであり、標的タンパク質のC末端に結合することで機能する。我々はベイズ推定法を用い、PDZドメインおよびペプチドの一次配列に基づいてどのペプチドとPDZドメインが結合するかを予測する位置特異的スコア行列を三次元に拡張した。マウスゲノムがコードする82種類のPDZドメインおよび93種類のペプチドから得た相互作用データを用いてこのモデルを訓練したところ、相互作用は他のマウスPDZドメインおよびキイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）のPDZドメインに関して正しく予測され、やや劣るものの線虫（Caenorhabditis elegans）のPDZドメインでも予測された。このモデルでは、ペプチドリガンドの点変異がPDZドメインの結合親和性に及ぼす特異的な影響も予測された。全体として、我々の方法が単一のモデルでPDZドメインファミリーの結合選択性を捕捉することが示された。
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