1. Nature Japan
  2. Nature Biotechnology
  3. v24 n10
  4. 確率に基づいて高処理能タンパク質リン酸化解析およびリン酸化部位特定を行う方法
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確率に基づいて高処理能タンパク質リン酸化解析およびリン酸化部位特定を行う方法

Nature Biotechnology 24, 10 doi: 10.1038/nbt1240

ナノスケールの逆相液体クロマトグラフィー／タンデム質量分析法（LC-MS/MS）で 多数のタンパク質リン酸化部位を同定しようとする場合、大きな支援作業としてデータの解析および解釈が残されている。本研究では、データセットの誤差、データセットの感度およびリン酸化部位の特定など、面倒な手作業でしか確認できないことが多い問題に取り組んだ。我々は、標的−デコイ法で求められる誤差率を評価した大規模なリン酸化データセットを得、誤ったペプチドスペクトルマッチを効率的に除外してデータセットの感度を最大化する方法を示し、MS/MSスペクトルの部位決定イオンの存在および強度から正しいリン酸化部位の確率を評価する確率に基づくスコア（Ascore）を紹介する。この方法を完全に自動化し、ノコダゾールで停止させたHeLa細胞の溶解物に応用すると、タンパク質491種類に重複のないリン酸化部位が1,761ヵ所同定され、ペプチド偽陽性率は1.3%であった。
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