Perspective

HUPO PSIの分子間相互作用フォーマット―タンパク質間相互作用データ表記のための学界標準

2004年2月1日 Nature Biotechnology 22, 2 doi: 10.1038/nbt926

プロテオミクスの主要な目標のひとつは、細胞生理学の基礎となるタンパク質間相互作用ネットワークを完全に解明することである。小規模実験に加えて最近では大規模な実験が多数実施され、相互作用ネットワークの性質に関する理解が進展してきた。しかし現在、公開されているタンパク質間相互作用のデータは、形式がデータベース、研究者のウェブサイト、時には印刷物のみとさまざまであり、互いに分断されているため、必要となる実験間データ統合が困難なものとなっている。本論文では、タンパク質間相互作用データの表記および交換のための学界標準データモデルを提案する。このデータモデルは、ヒトプロテオーム機構（HumanProteome Organization；HUPO）の作業部会であるプロテオミクス標準イニシアチブ（Proteomics Standards Initiative；PSI）のメンバーが共同開発したものであり、主要なタンパク質間相互作用データ提供者に支持されている。主な支持者には、生体分子相互作用ネットワークデータベース（ B i o m o l e c u l a rInteraction Network Database; BIND）、Cellzome社（独、ハイデルベルク）、相互作用タンパク質データベース（ Database ofInteracting Proteins; DIP）、ダナファーバーがん研究所（Dana Farber Cancer Institute、米、マサチューセッツ州ボストン）、ヒトタンパク質参照データベース（ Human ProteinReference Database; HPRD）、Hybrigenics社（仏、パリ）、欧州生命情報科学研究所（European Bioinformatics Institute; EMBLEBI、英、ヒンクストン）のIntAct、分子相互作用（Molecular Interactions; MINT、伊、ローマ）データベース、タンパク質間相互作用データベース（Protein-Protein InteractionDatabase; PPID、英、エジンバラ)、および遺伝子／タンパク質相互作用検索ツール（SearchTool for the Retrieval of InteractingGenes/Proteins; STRING、EMBL、独、ハイデルベルク）がある。

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