Research press release

マイクロRNAの標的を検証する

Nature Methods

Validating microRNA targets

数百個のマイクロRNA標的遺伝子を1回の実験で検証する高感度で再現性のある方法が、Nature Methods(電子版)で発表される。この成果は、そうした標的遺伝子がどのように調節されるのかを解明するのに役立つ。

マイクロRNAという短いRNA分子は、タンパク質をコードしていないが、翻訳を遮断したり分解するRNAに目印をつけたりすることによって遺伝子発現を調節しており、極めて重要なものである。特異的なマイクロRNAの標的をコンピューターアルゴリズムで予測することはできるが、予測された標的を大規模に検証する実験的な方法が必要である。

M Hengartnerたちが発表するのは、コンピューターで予測された線虫Caenorhabditis elegansのマイクロRNA標的遺伝子を追跡するプロテオミクス的方法である。let-7という特定のマイクロRNAが調節する遺伝子を明らかにするため、研究チームは、正常な線虫のタンパク質レベルとlet-7レベルが低い変異線虫のタンパク質レベルとを比較した。研究では、選択反応モニタリング(SRM)質量分析法と呼ばれる高感度な検出技術が、同位体コード親和性標識法(ICAT)という定量法と組み合わせて利用された。正常な線虫との比較で変異線虫のタンパク質レベルが変化すれば、それはその遺伝子が実際にlet-7によって調節されているということである。

この一般性のある方法は、あらゆる生物のあらゆるマイクロRNAに関して予測された標的遺伝子の検証にすぐさま利用可能と考えられる。

A sensitive and reproducible method to validate several hundred microRNA target genes in one experiment is described online this week in Nature Methods. These results give a better understanding of how these target genes could be regulated.

MicroRNAs are short RNA molecules that do not encode a protein but are crucial in regulating gene expression by blocking translation or marking the RNA for degradation. The targets of specific microRNAs can be predicted by computational algorithms, but experimental approaches to validate the predicted targets at a large scale are needed.

Michael Hengartner and colleagues report a proteomics approach to follow up on computationally predicted microRNA target genes in the roundworm Caenorhabditis elegans. To determine which genes are regulated by a specific microRNA known as let-7, the researchers compared protein levels in normal worms to protein levels in mutant worms in which let-7 levels were reduced. They used a highly sensitive detection technique called selected reaction monitoring (SRM) mass spectrometry in combination with a quantitative method, isotope-coded affinity tagging (ICAT). When the protein levels changed in the mutant worms compared to the normal worms, this indicated that the gene was indeed regulated by let-7.

The general approach should be readily adaptable to validate the predicted target genes of any microRNA in any organism.

doi: 10.1038/nmeth.1504

「Nature 関連誌注目のハイライト」は、ネイチャー広報部門が報道関係者向けに作成したリリースを翻訳したものです。より正確かつ詳細な情報が必要な場合には、必ず原著論文をご覧ください。

メールマガジンリストの「Nature 関連誌今週のハイライト」にチェックをいれていただきますと、毎週最新のNature 関連誌のハイライトを皆様にお届けいたします。

「注目のハイライト」記事一覧へ戻る

プライバシーマーク制度