Research press release

全RNAの配列を的確に解読する方法

Nature Methods

How to best sequence all of your RNA

鎖特異的にRNA配列を解読する方法(RNA-seq)7種類を包括的に分析して比較した結果がNature Methods(電子版)に発表され、どの方法が最適かも推奨される。

超並列配列解読技術により、ある生物の全RNAを分析することが容易になってきているが、さまざまな試料調製法が存在するため、自分の実験ではどの方法が適しているのかに関して混乱している例が多々ある。

J Levinたちは、鎖特異的なRNA分析で最も広く利用されている部類のプロトコルを分析し、指針を示している。このプロトコルを利用すれば、転写された遺伝子の構造に注釈を付け、各転写物の発現レベルを定量し、遺伝子がどの程度複数のアイソフォームに転写されるかを評価することができる。また、鎖の情報も保護される。それは、転写物がDNAのセンス鎖由来かアンチセンス鎖由来かが明らかにされるということである。アンチセンス転写物は調節的な役割を担うことが考えられるため、そこからはRNAの機能に関する重要な情報が得られるのである。

A comprehensive analysis and comparison of seven methods for strand-specific RNA sequencing (RNA-seq), together with recommendation of which techniques perform best, is published online this week in Nature Methods.

It is becoming easier to analyze the entirety of an organism's RNA, with massively parallel sequencing techniques, but the large number of sample preparation methods leaves many users confused as to which approach is more appropriate for their particular experiment.

Joshua Levin and colleagues provide guidance with the analysis of the most commonly used protocols for strand-specific RNA analysis. These protocols allow one to annotate the structure of transcribed genes, quantify the expression level of each transcript and measure the extent to which genes are transcribed into several isoforms. They also preserving strand information ― that is, they identify transcripts that are derived from the sense or the antisense strand of DNA, which yields important information about the function of the RNA because antisense transcripts are likely to play a regulatory role.

doi: 10.1038/nmeth.1491

「Nature 関連誌注目のハイライト」は、ネイチャー広報部門が報道関係者向けに作成したリリースを翻訳したものです。より正確かつ詳細な情報が必要な場合には、必ず原著論文をご覧ください。

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