Research press release

少量ChIPの配列を解読する

Nature Methods

Sequencing small ChIPs

少量のDNAの塩基配列を解読する技術が、Nature Methods(電子版)に発表される。出発材料が標準的な方法の100分の1ですむこの方法からは、腫瘍の小型生検材料のように小さな細胞群のクロマチン構造および遺伝子調節に関する洞察が得られると考えられる。

クロマチン免疫沈降法(ChIP)は、DNAと結合したクロマチンタンパク質を分離することによる分析法である。得られたDNAを分析すると、遺伝子発現のオン・オフを行うタンパク質とDNAとの相互作用に関する情報が得られる。ChIPの標準的な工程では多段階のプロトコルが利用されるが、それはサンプリングの偏りにつながる場合があり、出発材料として何百万個もの細胞が必要とされることもある。今回B Bernsteinたちは、ヘリスコープ配列解読機でクロマチン免疫沈降DNAの一分子配列解読を行う代替的な分析方法を紹介している。

研究チームは、わずか50ピコグラムの投入DNA(約25,000細胞分に相当)の分析で再現性のある確かな結果が得られることを示した。必要な細胞をさらに少なくすることができれば、従来この分析法では対応不能であった細胞群のクロマチン構造、ひいてはDNA調節が分析可能になると考えられる。

A technique to sequence small quantities of DNA is published online this week in Nature Methods. This method, which uses 100-fold less starting material than standard methods, will allow insights into chromatin structure and gene regulation in small cell populations, such as small tumor biopsies.

Chromatin immunoprecipitation, known as ChIP, is based on the isolation of chromatin proteins associated with DNA. The subsequent analysis of this DNA yields information about the interaction between the DNA and the proteins that turn gene expression on or off. Standard ChIP procedures involve a multistep protocol that can lead to sampling bias and require millions of cells as starting material. Bradley Bernstein and colleagues now present an alternative analysis approach based on single-molecule sequencing of chromatin-immunoprecipitated DNA on the Heliscope sequencer.

The scientists show that analysis of as little as 50 picograms of input DNA, the equivalent of about 25,000 cells, yields reproducible and robust results. Making do with fewer cells will enable researchers to analyze chromatin structure, and thus DNA regulation, from cell populations that have hitherto been inaccessible to this analysis.

doi: 10.1038/nmeth.1404

「Nature 関連誌注目のハイライト」は、ネイチャー広報部門が報道関係者向けに作成したリリースを翻訳したものです。より正確かつ詳細な情報が必要な場合には、必ず原著論文をご覧ください。

メールマガジンリストの「Nature 関連誌今週のハイライト」にチェックをいれていただきますと、毎週最新のNature 関連誌のハイライトを皆様にお届けいたします。

「注目のハイライト」記事一覧へ戻る

プライバシーマーク制度