Research press release

微生物の多様性を評価する

Nature Methods

Assessing microbial diversity

大規模な微生物群集の系統学的構成を迅速かつ正確に解明する方法が、今週のオンライン版『Nature Methods』で発表される。この研究では、ヒトマイクロバイオームプロジェクトとMetaHIT(metagenomics of the human intestinal tract;ヒト消化管メタゲノミクス)のデータを組み合わせ、ヒトの腸に関する現時点で最大のメタゲノムプロファイルを得ている。

微生物はすべての自然環境で重要な役割を果たしており、ヒトの健康に対する影響がますます研究されるようになっている。その影響を真に解明するには、微生物群集の構成を知る必要があり、その取り組みを可能にするのは高処理能の配列解読である。しかし、コンピューターを利用して配列データから群集のプロファイルを明らかにする現在の方法は、大きなデータセットを取り扱うには速度不足であったり、種または属のレベルで正確な特定を行うことができなかったりしている。

Curtis Huttenhowerたちは、速度も精度も高いプログラムを用いてそうした問題を解決した。MetaPhlAn (metagenomic phylogenetic analysis;メタゲノム系統分析)は、数百万本の短い配列リードを数分で正しい分類群に当てはめることが可能で、その量を推定することもできる。その速度と精度は、マーカーのデータベース上でリードの位置を特定することによって実現されているが、そのマーカーは、それぞれがリードを種、属、またはそれ以上の分類レベルに明確に割り当てるものとなっている。

A tool for rapidly and accurately determining the phylogenetic makeup of large microbial communities is reported online this week in Nature Methods. The work combines data from the Human Microbiome Project and MetaHIT (metagenomics of the human intestinal tract) for the largest metagenomic profile of the human gut to date.

Microorganisms play an important role in all natural environments and their influence on human health is coming under more and more scrutiny. To really understand their impact one needs to know the composition of microbial communities, an endeavor made possible by high throughput sequencing. But current computational methods to determine community profiles from sequence data are either too slow to deal with large datasets or cannot achieve accurate assignment at the species or genus level.

Curtis Huttenhower and colleagues solved these problems with a program that is both fast and highly accurate. MetaPhlAn (metagenomic phylogenetic analysis) can assign millions of short sequence reads to the correct taxon in minutes and also estimates their abundance. It achieves this speed and accuracy by mapping reads to a database of markers, each unequivocally assigning a read to its species, genus or higher taxonomic level.

doi: 10.1038/nmeth.2066

「Nature 関連誌注目のハイライト」は、ネイチャー広報部門が報道関係者向けに作成したリリースを翻訳したものです。より正確かつ詳細な情報が必要な場合には、必ず原著論文をご覧ください。

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