Research press release


Nature Methods

Finding mistakes in yeast gene libraries

酵母の変異遺伝子のライブラリーに割りつけられている遺伝子機能がどれだけ不正確であるかを明らかにする方法が、オンライン版『Nature Methods』で発表される。酵母の変異遺伝子の網羅的ライブラリーは遺伝学研究を行ううえで強力な武器であり、遺伝子スクリーニングおよびゲノミクス研究では遺伝子機能の割りつけに広く利用されている。しかし、「隣接遺伝子効果」というものが、不確かながらも報告されている。これは、実際には、変異した遺伝子そのものではなく、その隣接遺伝子が表現型に寄与している、というものである。Martin Kupiecたちは、隣接遺伝子効果が実際に広く存在し、著名な欠失コレクションでは10個中1個程度の遺伝子に影響を及ぼしていることを明らかにした。さらに、公開されているタンパク質相互作用データを用いるフリーソフトを開発・紹介している。これは、特定の表現型の真の原因となっている遺伝子を高い精度で予測することができるものである。

A method for uncovering the extent that scientists incorrectly assigned gene function in libraries of mutated yeast genes is reported online in Nature Methods.Comprehensive libraries of mutated genes in yeast are a workhorse for geneticists, and are widely used to assign gene function in genetic screens and genomics studies. But a ‘neighboring gene effect’ has been documented anecdotally, in which the neighbor of the mutated gene—not the gene itself—is actually responsible for the phenotype.Martin Kupiec and colleagues show that the neighboring gene effect is in fact widespread, affecting on the order of one in ten genes in a prominent deletion collection. They develop and introduce freely available software that uses publicly available protein interaction data to predict the gene that truly causes a given phenotype with high accuracy.

doi: 10.1038/nmeth.1890

「Nature 関連誌注目のハイライト」は、ネイチャー広報部門が報道関係者向けに作成したリリースを翻訳したものです。より正確かつ詳細な情報が必要な場合には、必ず原著論文をご覧ください。

メールマガジンリストの「Nature 関連誌今週のハイライト」にチェックをいれていただきますと、毎週最新のNature 関連誌のハイライトを皆様にお届けいたします。