이질염색체(Heterochromatin)는 반복적인 DNA 인자 및 트랜스포손의 전사를 억제하지만, 이러한 이질염색체의 형성은 파라독스하게도 히스톤 H3K9 메틸화를 개시하는 sRNA의 생성을 촉진하는 공동 전사 메커니즘에도 관여한다. Danesh Moazed와 공동연구원들은 효모에서 H3K9me2가 전사를 허용하는 상태의 또 다른 이질염색체를 확인하였다. H3K9me2로부터의 H3K9me3에 의한 침묵 상태로의 전사는 후생학적으로 이질 염색체가 유전되는데 필요한 것으로 보인다. 이질 염색체에 H3K9 메틸화를 보존하게 되면, 다른 생물에서도 유사한 메커니즘을 이용할 수 있을 것으로 보인다.