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コロナウイルス:アフリカ南部でのSARS-CoV-2オミクロン変異株のエピデミックの急速な拡大

Nature 603, 7902 doi: 10.1038/s41586-022-04411-y

アフリカ南部における重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)のエピデミックは、3つの異なる波によって特徴付けられる。第一波は、SARS-CoV-2の複数系統の混在と関連付けられたが、第二波はベータ(B.1.351)変異株によって、第三波はデルタ(B.1.617.2)変異株によってそれぞれ引き起こされた。2021年11月、南アフリカ共和国とボツワナ共和国のゲノムサーベイランスチームは、南アフリカのハウテン州において、感染の急速な再増加と関連する新たなSARS-CoV-2変異株を検出した。最初のゲノムデータがアップロードされて3日以内に、この変異株は世界保健機関(WHO)によって懸念される変異株(オミクロン株;B.1.1.529)に指定され、3週間以内に87か国で確認された。オミクロン変異株は、そのスパイク糖タンパク質に30以上の変異があるという点で例外的であり、これらの変異は抗体中和やスパイク機能に影響すると予測される。今回我々は、オミクロン株のゲノムプロファイルと初期の伝播動態について報告し、集団免疫レベルが高い地域で急速に広がっていることをはっきりと示す。

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