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遺伝:ジャイアントパンダゲノムの塩基配列およびde novo組み立て

Nature 463, 7279 doi: 10.1038/nature08696

今回我々は、次世代塩基配列解読(シーケンシング)技術のみを用いて、ジャイアントパンダゲノムの概要配列の作製と組み立てを達成した。得られたコンティグ(2.25ギガ塩基(Gb))はゲノム全体の約94%に相当し、残りの未解読領域(0.05 Gb)には食肉類に特有の反復配列および縦列反復配列が含まれると考えられる。イヌおよびヒトと比較すると、パンダゲノムは分岐率が低いことが明らかになった。パンダ固有形質の一部の基盤と考えられる遺伝子の分析は、そのササ食が、自身の遺伝子構成よりも腸内微生物叢により大きく依存している可能性を示している。また、パンダの二倍体ゲノム中では、ヘテロ接合性の一塩基多型が270万個以上見つかった。今回のデータおよび分析結果は、哺乳類の遺伝学的研究を促進する基盤となるものであり、次世代シーケンシング技術の使用により、大型の真核生物ゲノムのde novo組み立てが高い精度および費用効率で迅速に行えることを示している。

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