HITS-CLIP을 이용한 대체 접합 분석

인간 지놈이 해독되면서 예상했던 것보다 적은 수의 유전자에 의해 대체 접합(alternative splicing)에 대한 관심이 다시 떠오르게 되었다. 대체 접합은 단일 유전자로부터 하나 이상의 단백질을 만들 수 있는 메커니즘이다. Licatalosi 등은 살아있는 조직에서 RNA-단백질 결합 상호작용을 밝히기 위해서 지놈 전체를 분석하는 방법을 개발하였으며, 이를 통해서 포유류의 뇌를 분석하는데 적용하였다. 저자들은 신경에서의 대체 접합 조절인자인 노바(Nova)의 결합 부위를 분석하였으며, 이를 통해서 노바가 대체 폴리아데닐화(alternative polyadenylation)를 조절하는 추가 기능이 있다는 것을 밝혔다. 또 다른 연구에서 Wang 등은 다양한 인간 조직 및 암 세포에서 대체 접합을 연구하기 위해 mRNA 염기서열에 대한 심층 분석을 실시하였다. 접합 경계(splice junction)에 대한 염기서열 맵핑을 통해서 저자들은 대체 접합이 인간의 다중 액손 유전자(multi-exon gene)에서 흔히 일어난다는 사실을 발견하였다. 저자들은 또한 대체 접합이 mRNA의 폴리아데닐화와 연결되어 있는 것으로 확인되었다.