표지 기사： ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 프로젝트의 3

이번 주 호에는 ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 프로젝트의 3단계 결과가 발표되었다. 이번 Nature 호에 실린 9개의 논문은 온라인과 여러 다른 저널에 발표된 논문과 함께 사람 및 마우스 게놈(Genome)의 후보 기능 요소 중 가장 종합적인 카탈로그(Catalogue)를 조사하였다. Overview 논문에서 ENCODE 프로젝트 컨소시엄은 백과사전의 새로운 요소에 대한 요약을 제공하며, 약 6,000 여 개의 실험에서 얻은 Data sets를 이용하였다. 이번 주 호에서 발표된 많은 연구는 유전자 전사를 조절할 수 있는 후보 cCREs (cis-regulatory elements)라고 불리는 DNA 영역을 조사하였다. Joseph Ecker, Bing Ren, Barbara Wold와 연구진들의 3개의 논문에서는 마우스의 배아 발달 과정에서 cCREs을 관찰하였다. Wouter Meuleman, Jeff Vierstra, John Stamatoyannopoulos의 2개의 논문은 cCREs와 전사 인자 Footprints를 수백 가지의 사람 세포와 조직 유형으로 Mapping하였다. Michael Snyder와 연구진들은 24 개의 사람 세포 유형에서 염색질 루프(Chromatin loops)를 Mapping하였다. Eric Mendenhall과 연구진들은 사람 간 세포주에서 활성화된 모든 염색질 관련 단백질의 거의 1/4에 대한 게놈 전체의 결합을 Mapping하였다. Brenton Graveley와 연구진들은 여러 분석법을 통합하여 RNA 결합 단백질과 그 기능적 요소에 대한 종합적인 분석을 수행하였다. 마지막으로 Perspective article에서 프로젝트 팀은 상황에 따라 여러 단계의 ENCODE를 이용하였다. 표지 이미지: StoryTK (special page: ENCODE 3)